Para realizar la verificación de la tienda en Google accede a tu cuenta Google Search Console (antes Google Webmaster Tools) y debes añadir un nuevo sitio web, si aún no has dado tu tienda de alta, o clic en Administrar propiedad > Verificar esta propiedad en la página principal de Search Console que hay junto a la propiedad que quieras verificar.

De los métodos disponibles elige Etiqueta HTML, copiala y desde el panel de administración de tu tienda pega la etiqueta meta facilitada en el campo Cód. Verificación Webmaster que está dentro de Configuración > Preferencias > SEO. Asegúrate de copiar toda la etiqueta correctamente.

Una vez incluida la etiqueta dile a Google que ya puede verificar la propiedad de tu tienda online.

Ayuda y más información sobre Google Search Console.